Junpeng Ma

WGD run error

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I should have successfully run pip install wgd.But when I run wgd the following appears Command 'wgd' not found, did you mean: command 'wg' from deb wireguard-tools (1.0.20200513-1~20.04.2) command 'gwd'...

Haphic plot question

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Hi, When I ran "/path/to/HapHiC/haphic plot out_JBAT.FINAL.agp HiC.filtered.bam", a very Hi-C contact maps appeared. Oddly, this is not the case in Juicebox. [contact_map.pdf](https://github.com/user-attachments/files/16632032/contact_map.pdf)

Hi, I had a very strange problem with my run log, misidentifying peak_het as peak_hom and peak_het is -1. As in line 121 of the log file, the peak_hom is...

关于在Phytop中指定外类群的问题

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您好，我在运行Phytop的时候，通过-outgroup指定了外类群，但是在输出的结果图中，并没有将我指定的lable作为外类群。 我的命令：phytop -pie -cp Artemisia_annua.chr1.tree.nwk_1_9_t2.astral -outgroup Artemisia_annua Artemisia_annua.chr1.tree.nwk_1_9_t2.astral文件：(Chrysanthemum_indicum,(Chrysanthemum_nankingense,(Chrysanthemum_lavandulifolium,((Artemisia_annua,Chrysanthemum_rhombifolium)'[q1=0.4478022570830546;q2=0.28141251105884385;q3=0.2707852318581015;f1=4611.666666666667;f2=2898.1111111111113;f3=2788.6666666666665;pp1=1.0;pp2=0.0;pp3=0.0;QC=9;EN=10298.444444444445]':0.18830522510689926,(Chrysanthemum_morifolium_1,(Chrysanthemum_morifolium_2,Chrysanthemum_morifolium_3)'[q1=0.351280793355994;q2=0.3436065458877948;q3=0.3051126607562113;f1=4009.8;f2=3922.2;f3=3482.8;pp1=0.995992791361785;pp2=0.00399075258044579;pp3=1.645605774022634E-5;QC=5;EN=11414.8]':0.02724277015028755)'[q1=0.36421078746811597;q2=0.318941255824411;q3=0.3168479567074731;f1=3914.75;f2=3428.1666666666665;f3=3405.6666666666665;pp1=0.9999999999709575;pp2=1.5382845626288437E-11;pp3=1.3659835325692579E-11;QC=12;EN=10748.583333333332]':0.04736980044231077)'[q1=0.41357915097601317;q2=0.28093667361260355;q3=0.30548417541138323;f1=3688.3333333333335;f2=2505.4166666666665;f3=2724.3333333333335;pp1=1.0;pp2=0.0;pp3=3.925581927273705E-56;QC=12;EN=8918.083333333334]':0.1281733966444376)'[q1=0.3618975498937391;q2=0.3081075799399076;q3=0.3299948701663532;f1=2963.0;f2=2522.6;f3=2701.8;pp1=0.9999998572972449;pp2=2.8258800833285676E-8;pp3=1.1444395411884543E-7;QC=5;EN=8187.400000000001]':0.043722060531553):0.0); Phytop的运行结果 [Artemisia_annua.chr1.tree.nwk_1_9_t2.astral.pdf](https://github.com/user-attachments/files/18669664/Artemisia_annua.chr1.tree.nwk_1_9_t2.astral.pdf)

关于Collapse的表现问题

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您好， Collapse是一个非常好的模块，我组装的是一个同源性较高的多倍体植物，Collapse区域我一直不知道怎么处理。之前我尝试了通过gfa和ont数据（depth）来进行Collapse区域的恢复。但是在这过程中我发现有一个Collapse区域一直没有被恢复。 通过我的经验来看，2号染色体的黑框框起来的部分应该是同时和1和3号染色体的部分区域发生了Collapse，该区域的测序深度应该约为正常的测序深度3倍（正常的测序深度约为20X），结果也是这样的，下图是该区域中一个contig的深度图。 无论是基于gfa还是ont数据进行Collapse的恢复，该区域的contig都没有成功的生成新的拷贝（或者说被成功的恢复），通过查询过程文件，contigs.collapsed.contig.list统计的Collapse区的contig中是存在该区域的conitg的，但是运行“cphasing collapse rescue”后，生成的collapsed.rescue.contigs.list文件中却没有该区域的Contig，最终导致这些contig不能成功的被恢复。这个问题是什么导致的？是否是因为并非是2个染色体发生了坍塌，而是3个染色体，导致这些contig不知道应该分配到那些cluster中？

错误的亚基因组划分结果

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张老师您好： 我使用的SubPhaser应用于一个6倍体物种进行亚基因组的划分，但是划分的结果出现了非常明显的错误，cricos图中把本应是分别属于三套基因组的同源染色体划分成了亚基因组。PCA图也可以看出划分的效果不太好。请问有没有其他办法能改善这个结果。   这是我的配置文件信息 ` Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12 Chr13 Chr14 Chr15 Chr16 Chr17 Chr18 Chr19 Chr20 Chr21 Chr22 Chr23 Chr24...