Junpeng Ma

Thank you. That problem has been solved. Another small problem is that after modification by Juicebox, there will be an extra Scaffold. Can we keep the extra scaffold deleted when...

Thank you for your reply. My problem has been solved and I have made a heat map that I am satisfied with.

补充， 该问题我已经解决，虽然不知道具体的原因是什么。但是我尝试我手动编辑“collapsed.rescue.clusters.txt”，把应该复制contig分配给了两个cluster，然后在collapsed.rescue.contigs.list文件添加了这些contig的新的contig id，结果成功了。但是现在我想绘制hic热图。根据您的教程，命令为“cphasing pairs2cool sample.dup.pairs.pqs sample.dup.pairs.pqs/_contigsizes.unique sample.10k.cool”，运行后，会出现， [10:32:54] INFO Load pairs: `sample.dup.pairs.pqs`. cli.py:5967 INFO Matrix's bin size: 10k cli.py:5968Traceback (most recent call last): File "/home/majunpeng/Software/CPhasing/bin/cphasing", line 7, in sys.exit(cli()) ^^^^^...

上述的问题，我也解决了，通过“cphasing-rs pairs-break sample.dup.pairs.pqs groups.dup.review.corrected.agp -o pairs_break”来重新生成corrected.pairs.gz，但是后面绘图的时候，我发现有一些信号在热图上凭空消失了！ 这些信号确实的区域在juicebox中是存在信号的，我不确定是不是因为我在运行“cphasing-rs pairs-break sample.dup.pairs.pqs groups.dup.review.corrected.agp -o pairs_break”的时候，出现了一个警告“2025-09-19T11:39:32 [INFO] - Load `sample.dup.pairs.pqs/_contigsizes` thread '' panicked at src/pqs.rs:1300:19: called `Result::unwrap()` on an `Err` value: ShapeMismatch(ErrString("filter's length: 999999...

我找到了上述问题的原因，是因为我错误理解了cphasing-rs pairs-break命令中break.bed的格式，把review.corrected.agp直接当成了输入文件，当我生成一个符合格式的bed文件后，成功运行，并且不会HIC热图不会出现上述问题。但是，我遇到了一个新的问题，就是打断的contig部分的信号很奇怪。 第一个染色体和第七个染色体（红色箭头所指的部分）是原本由utg000016l拆出来的两个contig，它们和其他contig的信号都很奇怪，在juicebox中，这些信号都是正常的。我初步觉得可能是我的bed文件的问题。我的bed文件格式如下 ``` utg000016l 6191943 7441942 utg000016l:6191943-7441942 utg000016l 1 6191942 utg000016l:1-6191942 utg000016l 7441943 15217956 utg000016l:7441943-15217956 ``` 这是我运行“grep "utg000016l" Last_groups.dup.review.corrected.agp”，也就是从.review.corrected.agp找到.bed文件需要信息的命令，暂时没发现什么不合理的地方。 ``` Chr06g1 7317284 8567283 641 W utg000016l:6191943-7441942 1 1250000 -...

感谢您的回复，如果要重新绘制正确的hic热图，我只需要下载新版本，然后重新运行绘图的命令，还是所有的分析要重新做？

您好，我更新了新版本后，重新运行了`cphasing pairs2cool`和`cphasing plot`，但是结果并没有得到改善

好的，谢谢张老师！

张老师，非常抱歉还有一个问题，我通过--root制定了外群后，运行phytop出现了如下错误， Traceback (most recent call last): File "/home/majunpeng/miniforge3/envs/phytop/bin/phytop", line 33, in sys.exit(load_entry_point('PhyTop==0.3', 'console_scripts', 'phytop')()) File "/home/majunpeng/miniforge3/envs/phytop/lib/python3.8/site-packages/PhyTop-0.3-py3.8.egg/src/plot.py", line 115, in main pipeline = plot(**args.__dict__) File "/home/majunpeng/miniforge3/envs/phytop/lib/python3.8/site-packages/PhyTop-0.3-py3.8.egg/src/plot.py", line 109, in plot AstralTree(**kargs).run()...

是的张老师，我手动调换了q1 q2 q3的排序，也不行。如果是末端枝长的话，我是不是手动删除树文件中的末端枝长就可以了。 ---- 回复的原邮件 ---- ***@***.***>发送日期2025年02月07日 10:10 ***@***.***> 抄送人Junpeng ***@***.***>, ***@***.***>主题Re: [zhangrengang/phytop] 关于在Phytop中指定外类群的问题 (Issue #13) @shang-hongyun 直接原因是astral4有末端枝长，如果横向枝长加起来小于默认标尺长度1，就会报这错。以前的astral末端无枝长，会被默认设为1，横向枝长加起来永远都会大于1，就不会有这错。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe....