Kai Gu
Kai Gu
@pvictor Hi, Victor I want to use `tablerCard` function in navbar page, same as examples in https://dreamrs.github.io/shinyWidgets/reference/useTablerDash.html Kai
Size effect的计算方法就选择用:“计算高低两组的IC50值的均值,然后求取比值”,这种么? 若有不加slope的话,aov()确实就可以了,方差分析的方法也会在后续作为插件以供选择么?比如是否加入slope变量 具体细节可以后续在加,我先整个数据集吧
添加了`ccle_data_combined.R`用于整合清理CCLE数据集,`analyze_gene_drug_response2.R`中增加了`analyze_gene_drug_response_asso2()`函数用于替换`analyze_gene_drug_response_asso()` 当选择slope变量时,用`manova()`,当只有IC50/EC50/Amax/ActArea变量中其中一个时,用`aov()` 但是有几个问题: * 有slope值的细胞系与药物的反应不多,因此减少了可用于方差分析的数据量,甚至有时该数据集为空,导致无法计算P值出现NA * 之前是可以多基因计算的,但是现在的方法,需要基因表达量分组计算Size effect,那么当出现多个基因时,如何判断高表达和低表达 * 基因表达量是连续型变量,是不是要转化成离散型变量?一般在方差分析中是将离散型变量作为协变量的吧?那我们的自变量是哪个呢?
假如要用ANCOVA的话,协变量要写在自变量的前面,之前是我说错了 我们除了TUBB1以外,还有可以测试的基因和药物么?
了解了,谢谢~