Porsche97

感谢老师百忙之中回复我的问题，还请老师查看我此前提到的命令是否正确，因为我比较了原始生成的groups.agp和使用命令1生成的corrected.groups.agp似乎只有在未挂载的contig中有区别，而在染色体区域完全一致（如下图），不知道这是否是正常现象。另外您提到的bed文件具体是corrected.groups.agp里的哪四列呢？ 命令1：cphasing scaffolding ../3.hyperpartition/output.clusters.txt ../2.prepare/A.poreC.counts_AAGCTT.txt ../2.prepare/A.poreC.clm.gz -sc ../2.prepare/A.poreC.split.contacts -f ../A.raw.assembly.fa -t 120 --corrected -o corrected.groups.agp -m precision

好的，老师，那可能是我理解错了，我以为加了--corrected 参数软件就会自动纠错组装时的错误，从而生成一个新的corrected.groups.agp