获取聚类getClusters报错

[yuan1027bio]

在更新完新的安装包之后，在获取聚类数就报错： library(ClusterGVis)

protein <- read.delim('Brain_DEP_Mean_Shrinkage.txt', row.names = 1, check.names = FALSE) protein_matrix <- as.matrix(protein) getClusters(exp =protein_matrix) 错误于factoextra::fviz_nbclust(exp, stats::kmeans, method = "wss"): x should be an object of class matrix/data.frame or an object created by the function NbClust() [NbClust package].

看到友友建议后，删除“exp=”后，运行示例数据data(exps)是可以运行的，但是运行我自己的数据后，出现新的报错： library(ClusterGVis)

protein <- read.delim('Brain_DEP_Mean_Shrinkage.txt', row.names = 1, check.names = FALSE) protein_matrix <- as.matrix(protein) getClusters(protein_matrix) 错误于if (cls == "cell_data_set") {: the condition has length > 1 class(protein_matrix)

考虑到更新的安装包的数据格式可能也更新了，但是没有明白应该调整为什么样的格式呢

[yuan1027bio]

已经解决了，是本身数据的格式问题

[chenheishou]

你好，我也遇到同样问题，请问应该修改成什么样的格式

[Wang-Ande]

你好，我也遇到同样问题，请问应该修改成什么样的格式

getClusters(exp =protein_matrix)，可以把exp换位obj

[liuchuan111]

半个月前还可以运行，现在就要把“exp =”删除了，直接给dataframe就可以运行了，真是神奇啊

[orange511]

Thanks to liuchuan111, that works for me!

[Yuxia88]

遇到同样问题了，应该是ClusterGVis，查看getClusters函数，改成obj了，function (obj = NULL, ...) Usage getClusters(obj = NULL, ...)