Refactor: migrate C++ bindings to pybind11; modernize build, packaging & tests

[Acture]

Summary

Depends on #153. Closes #154.

This PR is a comprehensive build system and packaging refactor following the pybind11 migration. It consolidates all build logic under a modern, reproducible structure and aligns EasyGraph’s native extension, Python packaging, and test workflow.

While the diff is large (+3,176 −2,979, 142 files changed), most edits are:

• structural (directory moves, renames, CMake rewrites),
• dependency normalization (pybind11, scikit-build-core, uv),
• or automated formatting (Ruff and pytest modernization).

No algorithmic logic is altered.

Key Changes

1. Build System
   • 将所有 py::object/py::dict/py::list 的 Boost 习语改为 pybind11 API 与异常：
   • throw py::key_error/py::value_error/py::type_error 等替代手写 PyErr_*。
   • 使用 py::arg("...") = py::none()/py::str("...") 提供默认参数。
   • def() 绑定处修复“默认参数重复定义”与签名不匹配问题。
   • 统一 C++17（-std=gnu++17），移除结构化绑定告警；修正 py::dict 只读访问（用 get_item() 或 obj = dict[key] 的 pybind11 方式）。
   • 模块入口：PYBIND11_MODULE(_core, m)；导出类型挂载到 easygraph.cpp_easygraph。
2. Packaging / Build
   • 仅保留 一个顶层包 easygraph。
   • pyproject.toml 使用 scikit-build-core 控制打包：
3. Tests & CI Modernization
   • 移除 nose：from unittest import SkipTest 或 pytest.importorskip 取代 from nose import SkipTest。
   • Pandas 2.x：将所有 DataFrame.append(...) 改为 pd.concat([df, row_or_df], ignore_index=True)。
   • pytest -ra -W always 可显示全部 warnings；默认配置不再全局禁用 warnings。
4. Tooling: Ruff / pytest / tox / uv
   • Ruff 取代 Flake8：
   • [tool.ruff] 与 [tool.ruff.lint]、[tool.ruff.format]；
   • 选择性启用规则族（E/F/W, B, Q, SIM, TID, TCH, ERA, UP），而非大批量 ignore；
   • 纠正不被 Ruff 支持的小节。
   • 在 pyproject.toml 汇总：
   • pytest：-ra；移除 --disable-warnings。
   • tox：迁移到 [tool.tox]，使用 tox-uv 加速环境创建。